Babahoyo fue erguida en épocas muy arcaicas por los remotos indios Babahuyus, integrantes de la confederación Huancavilca. Según la historia (de varias que existen, basadas en investigaciones), Carlos de Betember y Platzaen, adquiere sus territorios con dineros de sus peculios, e iniciaron el levantamiento de una ciudad.
El 11 de octubre de 1820, Babahoyo proclama su emancipación política y pasa a constituirse en la principal ciudad de organización de las fuerzas libertadoras a la patria. Sin embargo, oficialmente fue fundada el 27 de mayo de 1869 bajo decreto legislativo por el entonces presidente Gabriel García Moreno, quien además la designó como capital de la provincia de Los Ríos, realce que hasta la actualidad ostenta.
